企業は利益の追求（最大化）を目的としているのに対し、学校法人は教育研究活動を目的としています。両者は事業目的が異なるため、その活動状況を認識・測定するための会計処理や活動状況を報告するための計算書類（財務諸表）には、いくつかの相違点があります。

　学校の運営に係る事業については、学校法人会計基準に基づき、「資金収支計算書」及び「活動区分資金収支計算書」、「事業活動収支計算書」、「貸借対照表」を作成しています。
   ただし、学校法人が行う収益事業については、企業会計の方法に従って「収益事業に係る損益計算書」及び「収益事業に係る貸借対照表」を作成しています。

　資金収支計算書は、会計年度の諸活動に対応する資金の収入及び支出の内容並びに会計年度における支払資金（現金預金）の収入及び支出のてん末を明らかにする書類であり、予算との比較形式により収入及び支出を一覧で表示する点に特徴があります。企業会計で作成される「キャッシュフロー計算書」は前年度との比較形式により、資金（現金及び現金同等物）の状況を営業活動・投資活動・財務活動の三つに区分して表示します。学校法人でも、平成27年度から、このキャッシュフロー計算書に相当するものとして活動区分資金収支計算書を作成することとなり、そこでは、教育活動・施設整備等活動・その他の活動という三つの活動区分に分けて、学校法人全体の活動区分ごとの資金の流れを表示しています。

　事業活動収支計算書は、会計年度の諸活動に対応する事業活動収入及び事業活動支出の内容並びに事業活動収入及び事業活動支出の均衡状態を明らかにする書類であり、予算との比較形式により経常的収支及び臨時的収支に区分して表示する点に特徴があります。また、企業会計で作成される「損益計算書」に相当しますが、学校法人は営利目的ではなく、収支均衡を目的としているため、基本金の組入・取崩を収支差額に反映させている点に特徴があります。 

　貸借対照表は、会計年度末における財政状態を表す書類であり、資産の部、負債の部、純資産の部から構成されます。企業会計では流動性配列法（流動資産及び流動負債から並べる方法）が採用されているのに対し、学校法人会計では固定性配列法（固定資産及び固定負債から並べる方法）が採用されている点に特徴があります。